Les principaux domaines d’activités concernés par le mandat officiel du FONRID sont :
- Le financement de tout ou partie des programmes ou projets de recherche et d’innovation soumis par les structures publiques et privées de recherche, d’innovation et d’inventions du Burkina Faso,
- L’appui aux structures publiques ou privées de recherche, d’innovations et d’inventions en équipements de laboratoires ou d’atelier dans le cadre de programme précis de recherche-développement approuvés par le fonds,
- L’intermédiation entre les partenaires nationaux, bilatéraux ou multilatéraux et les structures de recherche et d’innovation publiques ou privées dans les négociations, l’élaboration et la mise en œuvre de projets et programmes de recherche, d’inventions et d’innovation,
- Le soutien à la publication scientifique et technique de bonne qualité dans le cadre de projets de recherche financés entièrement ou partiellement par le fonds,
- La participation à la valorisation des résultats de recherche et des innovations par le financement de tout ou partie des résultats ou activités dédiées à cet effet,
- Le financement des formations de courte ou de moyenne durée dans le cadre exclusif de programmes de recherche ou d’innovation financés par le fonds,
- Le financement de programmes spécifiques ponctuels de recherche réservés aux jeunes chercheurs et aux femmes ;
- Le financement et l’organisation régulière de conférences, colloques, congrès ou séminaires sur une thématique d’actualité ou de développement.

Les activités de recherche, d’innovation et de valorisation concernent (sans être limitatifs) les secteurs suivants :
- agriculture, élevage, pêche, foresterie et toutes spéculations y rattachées, de même que l’agroalimentaire ;
- santé humaine, animale et pharmacopée traditionnelle ;
- énergie, eau, assainissement,
- environnement et changement climatique ;
- matériaux locaux ;
- bâtiment et TP ;
- géologie et mines ;
- équipement ;
- artisanat ;
- culture ;   
- art culinaire ;
- art plastique ;
- art et culture de l’esprit ;
- éducation ;
- économie et droit ;
- sécurité ;
- etc.